想问下可以直接上传文件夹吗，或者怎么将多个文档在同一个二维码内进行分类

不能直接上传文件夹，不过你可以这样做：
把不同文档做成不同二维码，然后做一个目录式的页面，把这些文档二维码分门别类汇总展示出来，有两个功能可以用，一个是目录汇总码（https://cli.im/help/68542），还有是导航功能（https://cli.im/help/49267）。